При изменении налогового статуса работника возврат НДФЛ осуществляется в общем порядке
Минфином России в Письме от 6 августа 2010 г. № 03-04-06/6-172 рассмотрены вопросы возврата сумм удержанного налога на доходы физических лиц при изменении налогового статуса работника, а также при получении работником имущественного налогового вычета.

В соответствии с пунктом 1 статьи 231 Налогового кодекса РФ, говорится в Письме, излишне удержанные налоговым агентом из дохода налогоплательщика суммы налога подлежат возврату налоговым агентом по представлении налогоплательщиком соответствующего заявления.

При этом статьей 231 Кодекса особый порядок зачета или возврата налоговым агентом сумм излишне удержанного налога не установлен.
Следовательно, предусмотренный статьей 231 Кодекса возврат налогоплательщику налоговым агентом излишне удержанных сумм налога на доходы физических лиц должен осуществляться исходя из положений статьи 78 Кодекса, устанавливающей общий порядок зачета или возврата налогоплательщику сумм излишне уплаченных налога, сбора, пеней, штрафа и предусматривающей, что правила, установленные данной статьей, распространяются на налоговых агентов.

В соответствии с пунктом 4 статьи 78 Налогового кодекса РФ зачет суммы излишне уплаченного налога в счет предстоящих платежей налогоплательщика осуществляется на основании письменного заявления налогоплательщика по решению налогового органа.
Таким образом, в случае если перерасчет сумм налога сотрудника организации, ставшего налоговым резидентом Российской Федерации, производится с даты, когда статус налогоплательщика более измениться не сможет, налоговый агент вправе произвести зачет сумм излишне уплаченного налога на доходы физических лиц в счет предстоящих платежей налогоплательщика по этому налогу. Указанный зачет производится до окончания налогового периода.

Если по итогам налогового периода сумма переплаты налога будет зачтена не полностью либо в случае проведения перерасчета при окончательном определении налогового статуса работника по итогам налогового периода, в соответствии со статьей 78 Кодекса возврат излишне удержанной налоговым агентом суммы налога может быть произведен налогоплательщику налоговым агентом на основании заявления физического лица, поданного налоговому агенту, а налоговому агенту - налоговым органом на основании соответствующего заявления налогового агента о возврате (зачете), поданного в налоговый орган.

Вместе с этим по завершении налогового периода налогоплательщик вправе самостоятельно обратиться в налоговый орган по месту жительства с заявлением о возврате сумм излишне удержанного налога, представив налоговую декларацию за предыдущий налоговый период.
В соответствии с пунктом 3 статьи 220 Налогового кодекса РФ имущественный налоговый вычет, предусмотренный подпунктом 2 пункта 1 данной статьи, может быть предоставлен налогоплательщику до окончания налогового периода при его обращении к работодателю при условии подтверждения налоговым органом права налогоплательщика на имущественный налоговый вычет.

При этом необходимо учитывать, что суммы налога, удержанные налоговым агентом в установленном порядке до получения им обращения налогоплательщика о предоставлении имущественного налогового вычета и соответствующего подтверждения налогового органа, не являются «излишне удержанными» и, соответственно, под действие статьи 231 Кодекса не подпадают.

В случае если по итогам налогового периода сумма дохода налогоплательщика, полученного у налогового агента, оказалась меньше суммы имущественного налогового вычета, определенной в соответствии с подпунктом 2 пункта 1 статьи 220 Кодекса, налогоплательщик имеет право на получение имущественного налогового вычета при подаче налоговой декларации в налоговые органы по окончании налогового периода.

Одновременно в Письме обращается внимание на то, что Федеральным законом от 27.07.2010 г. № 229-ФЗ «О внесении изменений в часть первую и часть вторую Налогового кодекса Российской Федерации и некоторые другие законодательные акты Российской Федерации, а также о признании утратившими силу отдельных законодательных актов (положений законодательных актов) Российской Федерации в связи с урегулированием задолженности по уплате налогов, сборов, пеней и штрафов и некоторых иных вопросов налогового администрирования» внесены изменения в статью 231 Кодекса, устанавливающие механизм возврата налоговыми агентами излишне удержанных сумм налога на доходы физических лиц, применяемый с 1 января 2011 г.