НДС при списании товара, не подлежащего дальнейшей реализации
Согласно официальной позиции Минфина России, изложенной в п. 4 Письма Минфина Российской Федерации от 07.03.2007 № 03-07-15/29, если возвращенный продавцу товар в дальнейшем не используется им для осуществления операций, признаваемых объектами налогообложения, то суммы налога, принятые к вычету при приобретении товаров, использованных для производства и (или) реализации возвращенных товаров, подлежат восстановлению и уплате в бюджет в том налоговом периоде, в котором возвращенные товары продавцом приняты к учету.

При этом регистрация счетов-фактур в книге продаж при восстановлении указанных сумм налога производится в порядке, установленном п. 16 Правил ведения журналов учета полученных и выставленных счетов-фактур, книг покупок и книг продаж при расчетах по налогу на добавленную стоимость.

В то же время существует арбитражная практика, в которой высказывается противоположная позиция., в частности:

В соответствии со статьей 23 Налогового кодекса Российской Федерации на налогоплательщике лежит обязанность уплачивать законно установленные налоги. Следовательно, обязанность по уплате в бюджет ранее правомерно принятой к зачету суммы НДС должна быть предусмотрена законом.Исчерпывающий перечень случаев восстановления НДС представлен в п. 3 ст. 170 Налогового кодекса Российской Федерации. Данный перечень является закрытым. Приведенные в названной норме случаи не относят возврат некачественного товара (бракованной продукции) к обстоятельствам, при которых налогоплательщик обязан произвести восстановление сумм НДС в бюджет.

- Постановление ФАС Поволжского округа от 11.12.2008 по делу N А55-3673/2008 (Определением ВАС РФ от 08.05.2009 N ВАС-3551/09 отказано в передаче данного дела в Президиум ВАС РФ для пересмотра в порядке надзора): Правомерно признавая данную позицию налогового органа ошибочной, арбитражные суды предыдущих инстанций правильно руководствовались статьей 170 Налогового кодекса Российской Федерации, в пункте 3 которой определены случаи, обязывающие налогоплательщика восстановить налог на добавленную стоимость в бюджете. Приведенные в названной норме случаи не относят возврат бракованной продукции к обстоятельствам, при которых налогоплательщик обязан произвести восстановление сумм налога в бюджете.

- Постановление ФАС Московского округа от 06.10.2009 N КА-А40/10351-09 по делу N А40-84804/08-141-399: В отношении доводов налогового органа о неправомерности применения налогового вычета по НДС по списанным товарам суды со ссылкой на ст. 170, 171, 172 НК РФ установили, что перечень случаев восстановления НДС к уплате, содержащийся в ст. 170 НК РФ, является исчерпывающим и не содержит такие основания как уничтожение, порча, хищение имущества; кроме того, списание товаров по указанным причинам не предполагает их дальнейшего использования для каких-либо операций.

- Аналогичная точка зрения высказана в: Решение ВАС РФ от 23.10.2006 N 10652/06; Постановления ФАС ПО от 15.03.2007 по делу N А55-9182/06-43; ФАС ЦО от 06.04.2005 N А48-7767/04-15; ФАС СЗО от 01.03.2006 по делу N А26-4963/2005-29, от 21.04.2006 по делу N А56-8735/2005; ФАС УО от 03.05.2006 N Ф09-3264/06-С7; ФАС ВВО от 06.06.2007 по делу N А11-6204/2006-К2-18/388, Постановления ФАС Уральского округа от 31.10.2008 N Ф09-8084/08-С3 по делу N А60-8429/08, ФАС Московского округа от 07.03.2008 N КА-А41/1528-08 по делу N А41-К2-3474/07.

Кроме того, согласно п. 3 ст. 170 Налогового кодекса Российской Федерации, НДС восстанавливается в случае использования товаров для операций, не подлежащих налогообложению. А некачественный товар (бракованная продукция), как следует из Вашего вопроса, вообще не будет в дальнейшем использоваться.

Таким образом, учитывая спорность рассматриваемой ситуации - различный подход по данному вопросу у Минфина РФ и судебных инстанций, Вам необходимо принять самостоятельное решение о восстановление НДС или о не восстановление при возврате некачественной продукции, учитывая все возможные последствия, в том числе и негативные.
Настоящая консультация носит информационно характер, в котором выражено обоснованное мнение специалистов нашей компании и может отличаться от трактовки, изложенных в Письмах Минфина РФ и ФНС РФ, что не исключает вероятности возникновения споров с налоговыми органами.