Льготу по налогу на доходы можно получить независимо от времени приобретения квартиры
Два вопроса. 
1. Могу ли в 2002 году получить льготу по подоходному налогу по квартире, приобретенной в 1999 году? Ранее мне льгота не предоставлялась. 
2. Если я куплю себе вторую квартиру в 2002 году, могу ли я воспользоваться льготой еще раз? 

Да, Вы можете получить льготу по квартире, приобретенной в 1999 году. Теперь о порядке получения льготы.
Министерство по налогам и сборам РФ считает, что в 2002 году можно потребовать возврата подоходного налога, уплаченного в 1999 - 2000 годах по обЪектам, приобретенным до 1 января 2001 года. Для этого налогоплательщику необходимо подать в налоговый орган заявление со ссылкой на статью 78 Налогового кодекса РФ. Возврат налога за прошлый 2001 год не производится, поскольку налогоплательщик должен до 30 апреля 2002 года подать налоговую декларацию с тем, чтобы потребовать налоговый вычет по налогу за 2001 год по этим же обЪектам (приобретенным до 1 января 2001 года).
Это означает, что в 2002 году можно потребовать льготу и в виде возврата излишне уплаченного в 1999-2000 годах налога, и в виде уменьшения налога на доходы, подлежащего уплате за 2001 год. И все это по обЪектам (в том числе и по квартире), приобретенным до 01 января 2001 года.
В соответствии с пунктом 8 статьи 78 Налогового кодекса РФ заявление о возврате суммы излишне уплаченного налога может быть подано в течение трех лет со дня уплаты налога. Поэтому по квартире, приобретенной ранее 1999 года, нужно требовать не возврата уже уплаченного подоходного налога, а требовать произвести зачет излишне уплаченного, допустим, в 1998 году подоходного налога в счет налога на доходы, подлежащего уплате за 2001 год. Дело в том, что статья 78 Налогового кодекса РФ не содержит ограничения по сроку предЪявления требования о зачет излишне уплаченного налога.

По второму вопросу трудно дать однозначно утвердительный ответ, поскольку мнения юристов по этому вопросу разделились. Есть мнение, что по каждому отдельному закону льготы должны предоставляться отдельно: действовал до 1 января 2001 года один закон 'О подоходном налоге с физических лиц', значит и льгота по квартире должна предоставляться в соответствии с этим законом; а поскольку с 1 января 2001 года действует новый закон - Налоговый кодекс, то налогоплательщик вправе требовать льготу по квартире еще раз, на основании уже нового закона.
Однако у МНС РФ несколько иное мнение. Налоговики считают, что получить имущественный налоговый вычет на жилой дом или квартиру, приобретенные или построенные после 1 января 2001 г., имеют право лишь те налогоплательщики, которые полностью воспользовались до 1 января 2001 года налоговой льготой на основании прежнего закона 'О подоходном налоге с физических лиц'.